A trama de Rebelde se passa no prestigiado colégio interno Elite Way School. A história acompanha seis jovens de realidades opostas que, apesar das diferenças, se unem pelo amor à música e pelo desejo de serem eles mesmos em um mundo de aparências. O grande conflito central é a luta contra A Seita, um grupo secreto de alunos ricos que persegue e tenta expulsar os bolsistas para manter a "pureza" da elite.